Proses pertumbuhan makhluk hidup menghasilkan metabolit primer dan sekunder.  Metabolit primer merupakan hasil metabolisme energi selama proses pertumbuhan yaitu alkohol, asam amino, protein dan lemak.  Sedangkan Metabolit Sekunder adalah senyawa organik yang dibentuk saat mendekati tahap stasioner/selama akhir pertumbuhan dan merupakan sisa metabolisme yang mengandung zat antibiotika, enzim, hormon, dan toksin (Materi Pelatihan MS, 2015).

Menurut Prof. Loekas – Dosen Fakultas Pertanian, Universitas Jenderal Soedirman, Metabolit Sekunder yang berasal dari Agens Pengendali Hayati atau yang disebut MS APH merupakan senyawa organik yang dapat dimanfaatkan untuk pengendalian OPT.  Fungsi MS APH adalah untuk menghambat perkecambahan spora patogen, melindungi pertumbuhan awal, membersihkan lingkungan, melindungi dan memperkuat jaringan, menyediakan pasokan nutrisi, merangsang pembentukan zat pengatur tumbuh.  MS APH bersifat mudah larut dalam air, tidak meninggalkan residu, tidak mudah menguap, mudah diaplikasikan, dapat dipadukan dengan pupuk dan pestisida, efektif dan efisien untuk mengendalikan OPT. Sejak tahun 2013, telah dikembangkan beberapa MS APH antara lain: MS Trichoderma sp., MS Beauveria sp., MS Metarhizium sp. dan MS Pseudomonassp. di Perguruan Tinggi, UPT Pusat dan UPT Daerah.